随着英格兰内政、外交、财政、司法、军事、宗教事务的日益繁杂，原来的宫廷和贵族谘议院这些旧机构已经不能适应新的需要。托马斯·克伦威尔领导的改革派人士便开始了全面的政府重组。

一个似乎同往日一样寻常的早晨，托马斯·克伦威尔抱着一大摞文件来到玛格丽特一世的书房。

“陛下，英格兰急需一个更加高效、专业的政府架构。”托马斯·克伦威尔满怀期待地向玛格丽特一世呈上一份详尽的改革方案，“当前的枢密委员会并非常设机构，也没有固定成员。枢密官人数众多，不但不便召集开会，而且被因循守旧的教俗贵族所充斥。这种庞大松散的局面，严重影响了政府的办事效率。”

玛格丽特一世仔细翻阅着方案：“你提议建立一个完全脱离宫廷的新‘枢密院’？”

“是的，陛下。”托马斯·克伦威尔谨小慎微地解释道，“这将是一个独立于王室管家机构之外、具有稳定结构和工作程序的政府行政机构。枢密院的成员须全部为国家的重要官吏，具有特殊才干和专门特长，掌握着国家或王室的重要部门。”

按照这份方案，枢密会议将从松散的大议会中独立出来，并逐渐规范化。托马斯·克伦威尔首先重建了枢密会议的核心，即由部分成员组成的常务顾问班子。其次，他以首席国务秘书的身份拟定枢密会议的详细议程，对议会草案进行修改和审批。最后，他还设立了一个管理名册和会议记录的官员，使枢密会议进一步程式化，规范化。

至此，一个由大法官、财政大臣、枢密院长、掌玺大臣、国务秘书、外交大臣、警务大臣、会计官、御前大臣等十几位主要专职大臣组成的枢密院建立起来，成为了中央政府的新核心。玛格丽特一世作为女王拥有任免枢密大臣的全权，并是枢密院会议的名义主持者。枢密院定期开会，作为一个整体管理国家事务。

“选拔枢密院大臣的标准是什么？”玛格丽特一世翻到了文件的最末一页后问道。

“忠诚、能力与专业知识，陛下。”托马斯·克伦威尔连忙答道，“我们需要的是真正懂得治国之道的专业人才，而非仅仅依靠血统获得地位的贵族。当然，如果有贵族同时具备这些品质，我们也欢迎他们加入。”

玛格丽特一世赞许地点头：“这样一来，枢密院便成为独立于宫廷之外，管理国家公务的常设性行政机构，这将使国家向着制度化范式转变。但这项改革必然会触动很多人的利益，尤其是那些世袭贵族。他们不会轻易放弃权力。克伦威尔阁下，你要成为很多人的眼中钉肉中刺了。”

托马斯·克伦威尔微微一笑：“陛下，您最后所说的不是尚未发生的未来，而是已经成为事实的现在。改革必然伴随着阻力，但只要我们坚持正确的方向，最终会赢得民心与历史的认可。”

“那么，我希望能看到更具体的人选名单和实施计划，一周后向我汇报。”玛格丽特一世命令道，“待改革大业已成，我不介意让你这样一位忠诚的朋友跨入贵族的行列。不过也请你注意好自己的小尾巴，克伦威尔阁下。你的步步高升，只会让那些世袭贵族们越发想要收紧套在你脖子上的绞索呢。”

在玛格丽特一世的意有所指下，托马斯·克伦威尔先是陷入了狂喜，随后又像掉进了冰窟窿一样瞬间清醒过来。他当即下定决心，以后要更加严格地规行矩步，绝不留下任何授人以柄的破绽。

……

通过对枢密院的改革，托马斯·克伦威尔成为了事实上的政府首脑。一心想要缔造心目中那个全新国家的他仿佛有着源源不断的精力，在这短短一年的时间内主持国会通过了《教士顺从法》，把宗教案件的最后裁决权转移到世俗人手中；颁布了《叛逆法》，规定严惩那些蓄意侵犯女王的尊严与权威者，从而以法律的形式强化了玛格丽特一世在英格兰王国内的政治权威；《教士首年薪俸法》付诸实施，剥夺了罗马教廷对英国的征税权；发布了一项法令，将威尔士边境内所有杀人案和叛逆罪的审判权移交到在边境上设立的英格兰法庭。

在操纵议院通过一系列建设性法案的同时，这位似乎永不疲倦的杰出政治家开始着手建立相对稳定的税收制度。他整顿财政，从国会获得十五分之一税、什一税和补助金的保证。凭借《教士首年薪俸法》的实施，把原来流入教廷的定期收入截留给国家财政。此外又对英国境内的教士薪俸征收十分之一的所得税，这些收入与国家关税收入一起，构筑了英格兰国家制度化税收的基础。

1529年新年过后又一个女王处理公务至深夜的晚上，玛格丽特·莫尔将托马斯·克伦威尔领入玛格丽特一世的私人书房。莫尔小姐的老师多萝西夫人因为年岁渐长而撑不住早早歇下，但这位年轻的女士却还精神充沛。连依然不减威严气度的女王都在烛火的映照下流露出了一份疲色，她毕竟也有四十岁了，已经超过了这个时代人们的平均寿命。开启宗教改革后的这两年来，她常常在批阅文件、召见大臣的过程中忘记了时间的流逝，直到远方的钟声响起才惊觉时刻已不早了。

“当前的改革进行得怎么样了，克伦威尔阁下？”玛格丽特一世问道，眼中带着倦意。

“十分顺利，陛下。全国各地都在推行新的政策，民众的反应大多是积极的。”托马斯·克伦威尔回答道，语气中带着看见理想一步步实现的满足，“财政收入增长了近两成，这要归功于我们对于税收制度的改革。”